М.Я.Мудров был четвертым сыном в семье бедного вологодского священника. Медицину он выбрал уже после того, как блестяще окончил Вологодскую духовную семинарию по классу богословия. Достаток многодетной семьи священника Иакова Мудрова был столь невелик, что на поездку в Москву он смог дать сыну лишь 25 копеек медных денег, да еще медный крест и фаянсовую чашку с отбитой ручкой, которые Матвей Яковлевич хранил всю жизнь